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病原微生物宏基因组检测

| 背景概述


感染性疾病(也称感染病)是全球发病率和死亡率最高的疾病之一。病原体感染的复杂多样,新发病原体的不断涌现,细菌耐药的严峻形势,老传染病死灰复燃等,给感染性疾病防控诊疗带来了巨大挑战。在临床诊疗方面,约有20-60%的重症肺炎,发热待查,脓毒血症和中枢神经系统感染患者不能明确感染病原体,造成严重的医疗,经济和社会负担。因此,快速、准确的病原体鉴定是有效治疗、病情监测和控制疾病蔓延的重要前提!

传统的病原微生物检测方法主要包括形态学检测、培养分离、生化检测、免疫学和核酸检测。因操作简单、快速、技术要求不高,同时具有一定的诊断敏感性和特异性,目前仍在临床上广泛使用。但传统的检测方法在敏感性、特异性、时效性、信息量等方面存在局限,而且对于未知或者罕见的病原微生物,无法快速识别。

宏基因组测序(metagenomics next generation sequencing, mNGS)技术不依赖于传统的微生物培养,直接对全血、肺泡灌洗液、脑脊液等临床标本中的核酸进行高通量测序,通过与微生物参考序列数据库进行比对分析,获得疑似致病微生物的种属信息。mNGS无需特异性扩增,无偏向性地快速鉴定细菌、真菌、病毒和寄生虫等病原体,在未知或罕见病原体鉴定、耐药基因谱分析、混合病原菌感染检测等方面展现出广阔的应用前景,尤其适用于急危重症和疑难感染的诊断。


| 服务内容


检测范围:采用mNGS技术对临床标本核酸进行广谱的病原微生物筛查,可检测范围包括基因组序列已知的10100+种微生物,包括细菌(含分枝杆菌、支原体/衣原体)、真菌 、DNA病毒、寄生虫等。

可检测微生物种类

种类数目

细菌

6600+

真菌

980+

DNA病毒

2300+

寄生虫

220+

合计

10100+


检测适应症:

① 疑“难”:长期不明原因发热,感染病因不明;

② 危“重”:重症肺炎、脑膜炎,脓毒血症等;

③ “特”殊:器官移植、肿瘤患者、免疫缺陷患者等特殊人群;


| 检测周期

自实验室收到标本确认合格后,1-3个工作日出具检测报告


| 检测优势/适用人群

产品优势:

1、 自主开发,专业分析,权威解读

1) 自主开发的核酸提取试剂盒,覆盖多种标本类型,可实现微生物的高效提取;

2) 自主开发的宏基因组信息分析软件,实现高效专业的生信分析,采用双重人工复核,高校辨别真假阳性病原体;

3) 综合参考多个权威数据库和大量的文献资料,建立微生物参考序列和微生物致病信息解读两大专业数据库和解读报告软件,实现病原微生物的快速识别和解读;


2、两大平台,强强联合,准确可靠

NGS+qPCR两大平台,强强联合,互相验证,提高阳性检出率和准确性。


| 样本类型


标本类型

标本体积

储存及运输条件

外周血

3-5ml

常温(15-25℃)保存及运输,2天内送检

肺泡灌洗液

3ml以上

DNA检测:-20℃保存 1

周,-80℃长期保存避免反复冻融 ,干冰运输;


脑脊液

3ml以上

脓肿

3ml以上

胸腹水

3ml以上

尿液

10ml左右

其他无菌体液

3ml以上